大组织透明化样品可以通过悬挂的方式放置在样品载物台上，样品大尺寸是1cm*1cm*1cm。
适合样品：水溶性试剂透明化的小鼠胚胎、脑、肺、肝脏、肾脏、胰腺、卵巢等。
上样方式：平台配有不同形式的样品粘托和样品托盘，可以将样品通过粘贴悬挂或者托挂的方式放置在载物台上，没有固定形式，大家集思广益。
由于高浓度的琼脂糖浓度会影响部分活体样本的发育和状态，琼脂糖浓度太低又会影响样品的稳定性，此时，我们可以选择将样品围封在FEP管中。
适合样品：折射率和FEP、琼脂糖相似的样品，如斑马鱼、果蝇、线虫、拟南介等。
样品大小：平台配有不同规格的FEP管，具体围封方式类似于包埋方式。
围封样品模式图
STEM探测器和经典的极靴下背散射电子探测器类似，一般也采用半导体材质，并分割为好几块，
其中一块位于样品的正下方，主要用于接收正透过样品的透射电子，即所谓的明场模式；还有的位于明场探测器的周围，接收经过散射的透射电子，即所谓的暗场模式。
蔡司热场发射扫描电子显微镜SIGMA 500采用Gemini电子束非交叉光路设计，突破了传统设计中电子束交叉三次造成能量扩散的限制。束流适中，大大降低了色差对成像质量的影响。镜头镜筒内置电子束加速器，无需切换减速模式即可实现的低电压成像。低20V可成像，样品类型不受限制。透镜镜筒物镜采用静电透镜和电磁透镜相结合的方式，在工作距离范围内没有磁场，可在高倍率下观察磁性材料。环形二次电子探测器In-Lens安装在镜筒的正光路上。圆柱形一体化超大样品室配备5轴全自动中心样品台，可容纳直径250mm的超大样品。同一品牌的电子显微镜和光学显微镜可以组合观察(可选)，只有一个通用的样品架和配套的软件是Shuttle&Find，可以充分发挥光镜和电子镜各自的优势
使用全新样品定位方法创建多视角（ Multiview） 数据
使用折射率 n=1.38 的 Scale 介质（Hama 等，Nat Neurosci 期刊，2011 年），或折射率 n=1.45 的水性澄清液（例如：CelExplorer Labs 公司生产的 FocusClear™ 产品）进行透明处理的组织来完成实验
使用可选的触发界面维持生理条件，充分发挥成像信息和环境条件控制两者相结合的优势
光透技术
扫描电镜除能检测二次电子图像以外，还能检测背散射电子、透射电子、特征x射线、阴极发光等信号图像。其成像原理与二次电子像相同。在进行扫描电镜观察前，要对样品作相应的处理。
对样品的要求
1、不会被电子束分解
2、在电子束扫描下热稳定性要好
3、能提供导电和导热通道
4、大小与厚度要适于样品台的安装
5、观察面应该清洁，物
6、进行微区成分分析的表面应平整
7、磁性试样要预先去磁，以免观察时电子束受到磁场的影响
