高新技术企业认定部门一般是科技部、财政部、税务总局负责全国高新技术企业认定工作的指导、管理和监督。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构。认定机构下设办公室，由省级、计划单列市科技、财政、税务部门相关人员组成，办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
高企认证可以促进企业科技转型，创新是企业发展的根本动力，高新技术企业认定政策是一项引导政策，目的是引导企业调整产业结构，走自主创新、持续创新的发展道路，激发企业自主创新的热情，提高科技创新能力。高企认证可以提升企业品牌形象，说明负责人具备较强的创新意识、较高的市场开拓能力和经营管理水平。说明企业是国家支持的具有高成长性的企业，具有较好的潜在经济效益。
进行高企认证的企业的创新主要是自主创新，其特点为自主技术创新不可能在技术的每一个环节上都是创新的，但其中的核心技术或主导技术是由企业依靠自身力量立研究开发而获得的，这是“自主”的含义所在。目标具有率先性，自主创新的技术成果具有占性。知识和能力的支持是创新成功的内在基础和必要条件。自主开发技术的创新模式，主要用于全新创新或重大的突破性技术创新，它需要有很大研究与发展的投入，有较雄厚的技术力量，并有较多的技术积累。在竞争中取得地位时，采取这种模式。
