进口原材料受天气、国际市场变化等因素影响。今年以来日益的全球粮食危机对国际生物燃料产生了直接影响。生产工艺不成熟。现有成熟工艺存在着燃料稳定性不够或润滑性差等缺点。
产品成本高。以生物航空燃料为例，其成本是石油航空煤油的数倍，在成本上没有竞争优势。虽然航空公司也会购买一定数量的生物航空燃料，但考虑到成本，购买量不会很大。此外，成品油的生产还将产生外部间接成本。
目前，生物燃料大的问题是原材料的供应。在今年全球粮食危机的背景下，厨房废油和木本油料作物已成为重要的原材料来源。木本油料作物应尽量不占用耕地和居民点用地，应采用能适应恶劣环境的作物为原料，如耐旱、耐盐碱等环境的生物质。完善厨余油回收系统，建立厨余垃圾收集、运输、管理一体化的运营模式。
2012年航空公司的累计碳排放量不得超过基线的97%，2013年不得超过基线的95%。在排放制度实施初期，航空公司可以免费获得一定比例的免费排放配额，但免费配额逐年减少，非免费配额需要通过有偿拍卖获得。
然而，目前微藻生物柴油的生产成本仍然很高，这是制约其商业化生产的瓶颈。除了继续开发具有优良产油性能的藻类外，还实现微藻生产的综合利用。例如，从微藻中获得高附加值产品，如DHA、类胡萝卜素和活性多糖，并将废弃海藻残渣用作水产养殖的诱饵。
特别是，餐饮业对厨房的绿色、环保和安全燃料的需求日益增长。植物油燃料无疑是新型厨房燃料的代表。除了不能点燃且安全环保的植物油燃料外，还有谁？植物油燃料该技术是近年来发展起来的绿色环保燃料技术。
