因为水的换热效远远地超过气体的换率，水冷式冷水机组的能效等级风冷式冷水机组高。风冷凝器与同样换发热量的水冷式冷凝器对比，机器设备容积大，常用原材料多，制造成本较高。水冷式冷水机组即便再加上冷却系统的机器设备花费，其成本费仍旧比内冷式机组低15-20%上下。工业冷水机，此外，因为风冷式机组的机器设备为名输出功率比水冷机组的为名输出功率大，在电力工程扩容、电机控制机器设备等层面的花费也较高。
冷水机组电解法能抑制水垢的附着，但是除垢不，且具有电解孔蚀的危险;早期应用的磁力法稳定性比较差，长时间使用不能控制积垢，定期清扫积聚在控制器中的氧化铁;而静电法则克服了上述诸方法的缺点，并且，除了防垢和溶垢外，还有显著的杀菌灭藻的效能。但是静电法和电子水处理法冷水机缓蚀作用较的化学缓蚀略低，在一般空调冷却水系统内可不考虑采用其它缓蚀方法。而在一些对缓蚀要求较高的冷水机系统好同时适量添加一些缓蚀剂，可获得更好效果。
冷水机自身原因导致的运行噪音，风冷机和水冷机由于构造上的不同，前者较后者来说更容易产生“噪音”。各位知道，风冷机是通过风机为冷凝器散热的，而水冷机则是通过冷水塔系统为冷凝器散热，相比于冷水塔的噪音（一般置于高处，与水冷机并不在同一位置），风机噪音更大且与冷水机主机一体，所以更容易感觉到噪音存在（可清理分析叶片或为轴承加注润滑油）。
