产品成本高。以生物航空燃料为例，其成本是石油航空煤油的数倍，在成本上没有竞争优势。虽然航空公司也会购买一定数量的生物航空燃料，但考虑到成本，购买量不会很大。此外，成品油的生产还将产生外部间接成本。
目前，生物燃料大的问题是原材料的供应。在今年粮食危机的背景下，厨房废油和木本油料作物已成为重要的原材料来源。木本油料作物应尽量不占用耕地和居民点用地，应采用能适应恶劣环境的作物为原料，如耐旱、耐盐碱等环境的生物质。完善厨余油回收系统，建立厨余垃圾收集、运输、管理一体化的运营模式。
例如，为了监督废油的去向，促进废油的回收和利用，英国已迫使餐馆安装烹饪废油回收系统；荷兰废油回收由资助，降低了生物航空燃料精炼企业的高回收成本；在日本，废油由回收公司回收，并由购买。如果生物燃料要完全取代石油产品，不仅需要解决成本问题，还需要建立一个完整的生物燃料供应链。
微藻作为光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物质能，积累大量脂类，并能生产生物燃料。某些产油微藻的脂肪酸总量可达干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有丰富的生物活性物质，可在制备生物燃料的同时进行值的综合利用，相对降低微藻采油成本。
为什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基础。地球上每分钟大约有300万吨二氧化碳和110万吨水可以通过光合作用转化为200万吨有机物，同时可以释放210万吨氧气。
闪点和燃油都是温度值。植物油燃料的闪点相对较低。常温下，其闪点约为100。因此，没有的燃烧设备或点火器，在普通环境中无法产生能量释放。随着各行各业的不断发展，人们越来越重视环境保护。使该行业绿色环保。
