实验室污水处理流程大致分为三个主要步骤，包括预处理，主要处理和二次处理。
1、是预处理，它旨在去除进入处理过程的大颗粒物和沉淀物。这些物质通常来自于实验室中的悬浮固体物质，比如细胞，细菌等。预处理可以采用镜像过滤，离心等方式。
2、是主要处理，主要处理的目标是去除水中的有机物质、氮和磷盐等污染物。这一步骤的实现通常采用生物处理方式，也就是通过微生物将污染物质分解掉，通常会使用生物滤池或污泥法系统来处理。
3、是二次处理，其目的是去除在主要处理中没有被去除的残余污染物，这需要进一步处理。例如，用深度过滤技术将污染物在化学过滤和膜过滤中去除。
实验室废水处理设备的调试工作：
调试前检查工作：
1、空转点开点关风机、水泵转动运转情况，电控柜元件运作可靠性。
2、检查设备间风机的润滑机油加注情况。
3、检查内、外部管路连接牢固情况。
4、检查内、外部电路连接情况。
5、地埋式一体化污水处理设备内注入污水，检查各管路连接处有无渗漏情况.
6、启动风机，检查生活污水装置所有设备运转情况，有无异常震动、噪音等。
氧化分解法（参照含重金属有机类废液的处理方法）
在含水的低浓度有机类废液中，对其易氧化分解的废液，用H2O2 KMnO4 NaOCl H2SO4+HNO3 HNO3+HClO4 H2SO4+HClO4 及废铬酸混合液等物质，将其氧化分解。然后，按上述无机类实验废液的处理方法加以处理。
