处理柠檬酸生产废水比较常见的处理方法为生物法，生物法又分为厌氧生物法和好氧生物法在国外处理柠檬酸生产废水的主要方法为式厌氧污泥床，其处理废水的步骤如下。使废水在经过反应器底部之后进入到内筒，然后废水不断上升直至达到反应器的水分布器，再利用虹吸管将废水导入驯化好的污泥中，不断进行混合，将废水里的有机物分解成沼气，利用三相分离器将沼气、污泥与水分离并各自排出。
柠檬酸生产废物主要来自发酵和提取工序中产生的废中和液、浓糖水、洗糖水、洗罐水和洗滤布水，洗罐水的浓度，但相对于浓糖水，其水量较小，浓糖水的水量，且浓度较高，剩余各项废水的浓度以及水量都较低。
在柠檬酸生产的过程中排放的废水种类较多，其中中和废水的排放量，造成的污染也为严重，因此对于中和废水的处理至关重要，直接关系着生态环境。中和废水技术的工艺流程为中和→催化氧化→沙滤→吸附，废水经过处理之后，可以用于农田灌溉，既充分利用了工业废水，又节约了水资源。
