扫描电镜图像的形成需要各个系统相互配合，电子光学系统为扫描电镜提供的电子束，信号探测系统将电子束与样品相互作用产生的信号进行采集与处理。电子光学系统内容请参考往期文章，本篇主要对扫描电镜的信号探测系统进行介绍。
组织透明处理技术能够让您深入大型生物样品内，例如：组织切片、大脑、胚胎、器官球状体或活组织切片。您可以使用增强的光学穿透深度来捕获整个器官的荧光信号。这也令其成为一项具有发展前景的技术，例如：检测小鼠大脑神经元网络。
电子经过一系列电磁透镜成束后，打到样品上与样品相互作用，会产生二次电子、背散射电子、俄歇电子以及X射线等一系列信号。所以需要不同的探测器譬如二次电子探测器、X射线能谱分析仪等来区分这些信号以获得所需要的信息。虽然X射线信号不能用于成象，但习惯上，仍然将X射线分析系统划分到成象系统中。
有些探测器造价昂贵，比如Robinsons式背散射电子探测器，这时，可以使用二次电子探测器代替，但需要设定一个偏压电场以筛除二次电子。
