纳米膜好氧堆肥发酵系统装置的高温阶段当肥堆温度上升到45℃以上时，即进入高温阶段。通常从堆积发酵开始，只须2-3天时间肥堆温度便能迅速地升高到55℃，1周内堆温可达到高值(稳定可达80℃)。嗜温性微生物受到抑制，嗜热性微生物逐渐取而代之。除阶段残留的和新形成的可溶性有机物继续分解转化外，半纤维素、纤维素、蛋白质等复杂有机物也开始强烈分解。在50℃左右进行活动的主要是嗜热性真菌和放线菌;温度上升到60℃时，真菌几乎停止活动，有嗜热性放线菌和细菌活动;温度上升到70℃以上时，大多数嗜热性微生物已不适宜，微生物大量死亡或进入休眠状态。此时，产生的热量减少，堆温自动下降。当堆温降至70℃以下时，处于休眠状态的嗜热性微生物又重新活动，继续分解难分解的有机物，热量又增加，堆温处于一个自然调节的、延续较久的高温期。高温对于发酵的快速腐熟起到重要作用，在此阶段中发酵内开始了腐殖质的形成过程，并开始出现能溶解于弱碱的黑色物质。C/N比明显下降，肥堆高度随之降低。通过高温能有效杀灭有机废弃物中病原物，要求发酵温度达50-55℃以上，持续5-7天。
纳米膜好氧堆肥发酵系统装置在产热阶段(中温阶段，升温阶段)发酵初期(通常在1-3天)，肥堆中嗜温性微生物利用可溶性和易降解性有机物作为营养和能量来源，迅速增殖，并释放出热能，使肥堆温度不断上升。此阶段温度在室温至45℃范围内，微生物以中温、需氧型为主，通常是一些无芽胞细菌。微生物类型较多，主要是细菌、真菌和放线菌。其中细菌主要利用水溶性单糖等，放线菌和真菌对于分解纤维素和半纤维素物质具有特殊的功能。
纳米膜好氧堆肥发酵系统装置基建要求低，无需机械翻抛，节能降成本，膜寿命长达8年，折旧率低。易扩充：每套膜年生产千吨有机肥，可根据原料情况，随时停用或增加膜。无异，味：氨，硫化物透不出膜，堆肥内吸附，生产过程中无异，味，留存氮硫养分。省人工：智能程控式自动监控温湿度，自动供氧，堆肥发酵期间无需翻抛。
纳米膜好氧堆肥发酵系统装置是一种单向透过性透气膜，膜材上小孔可是阻止水分子通过，具有防水、透湿、隔菌、除臭等功能，而使用纳米膜发酵有机肥设备发酵的废弃物，添加六种微生物菌群，使发酵废弃物有机化。
纳米膜好氧堆肥发酵系统装置覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度，指标见表5。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。
在纳米膜好氧堆肥发酵系统装置的发酵过程中，测定堆层温度的变化情况。堆体发酵温度应控制在55℃~70℃，当堆体温度超过75℃时，应进行翻堆或强制通风;堆层各测温度均应保持在55℃以上，且持续时间不得少于7d，发酵温度不宜大于75℃，而且在65℃~70℃的高温期维持3d以上。覆膜发酵周期内，堆肥温度达到60℃以上，保持7d~10d可翻堆1次。翻堆时需均匀，应尽量将底层物料翻入堆体中上部，以便充分腐熟。注:在堆肥发酵第10天建议翻堆1次，提高发酵效果，收益。
