认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂经认证执行机构报请推行取消工厂或产品之认证资格及认证标志使用权后，若仍继续使用时，应由认证执行机构确认后报请推行透过大众传播媒体公布布厂商名称，并由推行函请相关主管机关依法办理。
制订和实施GMP的主要目的是为了保护消费者的利益，人们饮食安全；同时也是为了保护食品生产企业，使企业有法可依、有章可循；另外，实施GMP是和法律赋予食品行业的责任，并且也是中国加入WTO之后，实行食品质量制度的需要----因为食品生产企业若未通过GMP认证，就可能被拒之于国际贸易的技术壁垒之外。
GMP的中心指导思想是：食品质量是在生产过程中形成的，而不是检验出来的。因此强调预防为主，在生产过程中建立质量体系，实行全面质量，确保食品质量。
食品GMP的基本精神：
1、降低食品制造过程中人为的错误。
2、防止食品在制造过程遭受污染或品质劣变。
3、建立健全的自主性品质体系。
食品GMP的基本原则是：
（一）食品GMP之推行，采认证制度，由业者自愿参加。
（二）食品GMP之订定分通则与专则两种，通则适用所有食品工厂，专则依个别产品性质不同及实际需要予以订定。
（三）食品GMP产品之抽验方法，订有中国国家标准者应从其规定，未订者得参照检验单位或学术研究机构认同之方法。
