在制冷制热切换方面，风冷机组是冷媒环路通过四通阀切换流动方向。将冷凝器和蒸发器互换。夏季热量从室内传递到室外，冬季则从室外吸热到室内。而水冷机组不具备蒸发器和冷凝器互换能力，所以接冷却塔的机组没有制热的功能（需要外接锅炉）。热泵式机组要切换冷冻水和冷却水环路，在机房内要增加8个水路切换阀门。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
风冷式机组虽然在节约用水、简化系统及节约安装空间等方面具有显著优点，但从整个空调建设工程综合考虑上，包括土建费用、冷却水和冷冻水系统费用、电控和配套管理费及运行费用等，与水冷式冷水机组相比，风冷式冷水机组还不显优势。目前，绝大部分空调工程的主机选配，还是以水冷式冷水机组为主。
日常使用工业冷水机的时候，工业冷水机散热全部依靠水源将热气带走，如果在高速运行的时候，突然没有任何水源的流动，那么大量的热量无法及时的进行挥发，导致温度上升的速度非常快。当温度达到高温临界点的时候，工业冷水机会通过停机的方式保护自己。因此断水故障只要出现，工业冷水机通常会在运行15分钟左右的时候停止运行，以达到保护工业冷水机核心部件的目的。
冷水机组循环冷却水处理，由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，所以，往往得不到运行管理人员足够的重视。另外.由于空调冷却水系统比较简单，设计人员对其重视不够，并且，冷却水的处理是给排水和暖通均相关的，而冷却水系统多是由暖通人员搞，所以，难免造成先天设计不尽合理.在设计过程中针对空调冷水机冷却水系统易结垢腐蚀和菌藻滋生的特点，其处理方法也与冷冻水系统有所不同。
冷水机组电解法能抑制水垢的附着，但是除垢不，且具有电解孔蚀的危险;早期应用的磁力法稳定性比较差，长时间使用不能控制积垢，定期清扫积聚在控制器中的氧化铁;而静电法则克服了上述诸方法的缺点，并且，除了防垢和溶垢外，还有显著的杀菌灭藻的效能。但是静电法和电子水处理法冷水机缓蚀作用较的化学缓蚀略低，在一般空调冷却水系统内可不考虑采用其它缓蚀方法。而在一些对缓蚀要求较高的冷水机系统好同时适量添加一些缓蚀剂，可获得更好效果。
安装环境与位置会引起噪音问题,如果工业冷水机处于比较狭小的环境中，则噪音会被“放大”。狭小的环境会让工业冷水机的正常运行声音变大，听上去会超过正常运行的声音，建议不管是风冷机还是水冷机，一律安装在较为空阔的环境中，并且周边没有杂物异物，对环境声音有较高要求的话，可安装隔音墙，并保持通风散热。
