冷凝器在长时间使用后很容易出现管道形成水垢的现象，如果没有及时处理掉，这些水垢会影响换热效果，导致机组的冷凝温度升高，进而导致制冷量降低、机组电耗增加。因此冷凝器应该经常进行水垢清除。
可以使用机械除垢法：机械除垢是用软轴洗管器对钢制冷却管的冷凝器进行除垢的方法，特别适用立式壳管式冷凝器。
操作方法是：将冷凝器中的制冷剂抽出，关闭冷凝器与制冷系统连接的所有阀门，冷凝器的冷却水正常供给。用软轴洗管器联接的伞型齿轮状刮刀在冷凝器的立管内由上而下地进行旋转滚刮除垢，并借助循环冷却水来冷却刮刀与管壁磨擦产生的热量，同时将清除下来的水垢、铁锈等污物冲洗入水池。
不锈钢冷凝器在除垢过程中根据冷凝器的结垢厚度和管壁的锈蚀程度及已使用的年限长短来确定所选用适当直径的滚刀，但在遍除垢所选用的滚刀直径比冷却管内径要适当小一些，以防损伤管壁，再选用与冷却管内径接近的滚刀进行第二遍除垢，这两遍除垢就能清除冷凝器95%以上的水垢和污锈。
不锈钢冷凝器的电子磁水除垢法是电子磁水器的工作原理是将流经冷凝器的冷却水中的钙、镁和其它盐类在常温下以正负离子状态溶解于水中。
当冷却水以一定的的速度流经磁水器的横向磁场时，溶解的钙、镁等离子获得感应电能，使其电荷状态发生变化，离子间的静电引力受到干扰和破坏，这样就改变了其结晶条件，使晶体的结构疏松，抗拉、抗压能力降低，不能形成粘结力强的坚硬水垢，成为松散的泥渣随冷却水的流动而排出。
电子磁水除垢法这种除垢方法既能有效地防止新水垢的产生，而且还能清除原有的水垢，因为使用电子磁水器后，离子失去了结垢能力，这就对原有水垢失去了保护作用。另外经过磁化了的冷却水具有了一定的感应电能，同时由于冷凝器中的钢管与水垢的膨胀系数不同，使原有水垢逐渐发生龟裂，磁化水又不间断地侵入其裂缝中，破坏了原有水垢的粘着力，使之逐渐疏松而自行脱落并不断地被循环冷却水带走。
加工和制造列管冷凝器壳体时，纵向和圆周焊缝应为GTAW背衬、SMAW中间层焊接和SAW盖板表面焊接。只有这样，才能减少焊接变形，提高工作效率。 此外，要求它们的错误边数不应大于0.5毫米。在实际制造过程中，为了减少大开口喷嘴焊接过程中列管冷凝器壳体的变形，建议采用不对称K型坡口焊接接头，焊接前在筒体内部安装圆形支撑工具，焊接时采用TIG方法。当不锈钢冷凝器的外壳满足要求时，管板和挡板需要加工。管板管孔可用数控钻床钻孔。
清洗单个冷凝器，可以在清洗液储罐和冷凝器之间连接循环泵和管道以形成闭环，从而清洗液可以连续循环12至24小时以溶解和去除沉积物。使用浸没式将清洗液按一定比例混合，加入冷凝器中，静置5 - 10小时以软化和溶解沉淀物，排出清洗液，用清水清洗。
化学清洗的优点：除垢；人力节约。
化学清洗的缺点：可能导致冷凝器铜管腐蚀；清洗后废液的排放；药品的成本更高。化学清洗时，应注意溶液的比例、循环和浸泡时间，以防止冷凝器被腐蚀。
不锈钢冷凝器在做好相应的准备后，、安全、经济、节能、环保和的洗涤剂可以溶解，然后从冷凝器的低部分泵入水，循环浸泡大约3 - 5小时，清洁冷凝器内部的水垢。
等到冷凝器内的污垢被清理干净，及时排放污水，更换干净的水，然后再次冲洗；
整个清洗过程结束后，需要打开冷凝器的端板，用刷子在每个冷凝器的铜管内壁上来回拉动，以清除铜管内壁上的污垢和水垢，使其干净如新，光亮无腐蚀。
不锈钢冷凝器是将热流体的部分热量传递给冷流体的设备，又称热交换器。广泛应用于化工、石油、动力和原子能等工业部门。它的主要功能是工艺过程对介质所要求的特定温度，同时也是提高能源利用率的主要设备之一。
不锈钢冷凝器按传热方式的不同可分为混合式、蓄热式和间壁式三类。 该设备一般都用金属材料制成，其中碳素钢和低合金钢大多用于制造中、低压换热器；不锈钢除主要用于不同的耐腐蚀条件外，奥氏体不锈钢还可作为耐高、低温的材料；镍合金则用于高温条件下.。
