生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来历并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。和化肥比较，生物有机肥营养元素完全，具有改善土壤、进步产品品质、改善作物根际微生物群、进步植物的抗病虫才能、进步化肥使用率等特色，深受喜欢。
目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
菌肥是一种以菌类为基础的肥料，主要由菌丝体、孢子体和菌体等组成。菌肥可分为两大类：一类是以菌丝体为主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一类是以菌体和孢子体为主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。 菌肥具有以下特点：
1. 富含有机质：菌肥主要由菌类生物转化而来，富含有机质，能够提供植物所需的营养元素。
2. 促进土壤活性：菌肥中的菌类有利于土壤微生物的繁殖和活动，促进土壤的生物学活性。
3. 改善土壤结构：菌肥能够分解有机物质，改善土壤结构，增加土壤通气性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌类具有一定的抗病能力，能够提高植物的力，减少病害发生。
微生物菌肥，富含多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等高能量物质以及钾、钙、镁、磷、硫、铁、锌、硼、硒、硅、锰、钼等矿物元素。通过提高作物叶片中叶绿素的含量达到营养复壮、提质增产的效果，通过提高作物体内的酶活性达到、抗逆性的作用；多种有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透气性，提高土壤中有机质的利用率，通过生物菌的固氮、固碳功能为作物补充营养。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
本品含有的微量元素能有效调节叶面气孔开闭及水分蒸腾，增强作物抗旱、抗干热风、抗寒及抗低温的能力，对旱作农业具有重要意义。 生物菌能固氮并活化土壤中沉积的磷和钾，提高肥料利用率，调控养分释放，并且在其他元素供应过量时，有抑制供给的特点。 生物菌在植物根系周围形成保护屏障，抑制、和生理害的发生。
