认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
食品GMP接受委托代工之产品申请认证时，认证工厂应于委托代工合约书中，载明委托代工厂商不得冒用该委托代工产品之认证标志及字号。接受委托代工之认证工厂应对上述仿冒情节负监督责任，如有发现仿冒事实时，应立即通报食品GMP认证执行机构处理。认证工厂如未善尽监督上述仿冒之职责，经查明属实者，得登录该工厂及产品年度缺点各一次，并列入加严追踪管理。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂经认证执行机构报请推行取消工厂或产品之认证资格及认证标志使用权后，若仍继续使用时，应由认证执行机构确认后报请推行透过大众传播媒体公布布厂商名称，并由推行函请相关主管机关依法办理。
GMP是英文单词Good Manufacturing Practices的缩写，它初是由美国坦普尔大学6名教授编写制订，20世纪60-70年代的欧美发达国家以法令形式加以颁布，要求制药企业广泛采用。中国自1988年正式推广GMP标准以来，先后于1992年和1998年进行了两次修订。
