在影响货运质量的情况发生时，未能有效管理动力设备和确定并消除制冷系统的问题，是导致货损实际发生的一个重要因素。因此，在装运冷藏货物时，船员了解冷藏集装箱的管理规范，并富有监测经验和技术是非常重要的。
由于冷藏货物的贸易性质，特别是易腐货物，承运人通常面临着按照装运时货物状况及时交付货物的压力非常大。实际操作过程中经常会有短时间迟延，在运输诸如葡萄或香蕉之类的货物时，即使是很短暂的迟延，也可能对货物质量产生重大影响，并导致大额索赔。承运人对此应特别注意。
集装箱运输中发生货损货差，承运人应承担的高赔偿额。拼箱货的责任限制与传统运输相同。整箱货的赔偿按照目前国际上的一些判例，如果提单上没有列明箱内所装货物的件数，每箱作为一个理赔计算单位。如提单上列明箱内载货件数的，仍按件数计算。如果货物的损坏和灭失，不属海运，而是在内陆运输中发生的，则按陆上运输高赔偿额办理。如集装箱是由托运人所有或提供时，遇有灭失或损坏，其责任确属承运人应承担者，亦应视作一个理赔计算单位。
各航运公会为了垄断各自航线上的集装箱运输，都分别制订了供货方使用的集装箱运输规则。这些规则，是由各公会针对公会营运范围内的航线情况制订的。因此，各公会的规则内容各不相同，但基本精神是相同的，即船货双方的责任是一样的。规则内容一般包括以下几个方面：
（1）集装箱装卸港，集散运输。
（2）集装箱运输术语解释。
（3）各种运输交接方式船货双方责任。
（4）订舱手续及货运资料申报。
（5）各类条款包括提单，加批条款，港口条款和意外条款。
（6）提单签发。
（7）设备交接手续，使用免费时间和滞期费计收。
（8）交货手续。
（9）运费计算方法及支付。
（10）各种费用项目计收办法，费率变更规定。
（11）币制，贬值，增值规定。
（12）内陆运输规定及收费
