认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
制订和实施GMP的主要目的是为了保护消费者的利益，人们饮食安全；同时也是为了保护食品生产企业，使企业有法可依、有章可循；另外，实施GMP是和法律赋予食品行业的责任，并且也是中国加入WTO之后，实行食品质量制度的需要----因为食品生产企业若未通过GMP认证，就可能被拒之于国际贸易的技术壁垒之外。
