招标方在实际选择过程中，多数时候会选择受自己控制或与自己有利益关系的代理机构，来增大意向性中标单位中标的机率或使其终中标。在招投标活动中寻找招标代理机构的目的原本是减少甚至避免招标人与与投标人的直接接触，防止腐败行为的产生。但在实际选择的过程中，招标方的某些不当行为会导致代理机构的立性降低或丧失。
招标方考虑到自身利益或者与投标方存在的利益关系，在对评标成员进行选择时通常不会按照规定采取随机抽签临时选择的方式。甚至有时招标方、评标成员和投标方相互勾结，进行权钱交易或偏向性评分。在对评标进行审计时，审计人员应对其的产生方式与立性进行着重审查，防止评标不公平现象的产生。
在招标活动后的中标阶段，中标方与招标方除了签订中标合同以外，常常还会签订其他与中标合同相关的补充协议。这些协议通常可以分为两类，其中一类协议虽然对原中标合同中的某些未尽事宜进行了简单的补充与说明，但同时也会订立一些与原合同条款相冲突或背离的内容，这样显然会影响到中标结果的公平性。另一类是对原中标合同中约定的价格、付款进度、工期等条款进行直接更改，会影响建设项目的完工情况与进度。因此，审计人员在对中标签约阶段进行审计时，应审查定标程序及方法是否满足合法合规性。还应着重观察中标方履行合同时的行为，分析、判断是否符合中标合同中签订的条款，是否存在中标合同以外的其他违规签订的协议。
投标方中标之后，有些中标方会做出“中标、结算”的行为。因为它们虽以较格获得了项目的承建资格，但往往以牺牲利润为代价。因此，在获得中标资格以后，他们为了从这个项目建设中得到更多的利益，于是将工程项目违法转分包给不具有承建资格的其他建设单位，从而向建设单位收取一定的管理费。对于此种情况，审计人员在对建设项目的签约阶段进行审计时，应通过对终中标方的往来项目或建设项目现场施工人员身份进行检查与核实来判断中标方是否有转分包等违法行为。
审计人员在对招投标项目进行审计的过程中，有时对招投标审计的职能认识与定位不清楚，对招投标审计的责权不明晰。所以，常会出现审计人员参与到建设项目的管理决策过程中的情况，产生审计管理越位与错位现象。因此，审计人员在对招投标项目审计之前给自己的工作做好定位，清楚自己的工作职责，将自己的行为规范在职责范围内。
审计的内容主要是标底是否保密，投标条件中的图样和材料是否符合建设项目可行性研究报告的要求，是否有利于工程的技术水平和工程质量、节约投资并具有吸引能力和竞争性等。
