减少运营费用，降低运输成本。货损、货差大为减少，货物保险费也随之下降；开展“门到门”运输业务后，可大量节省仓库的建造费用和仓库作业费用等。
集装箱运输的管理方法和工作体系与传统运输方式不同，其主要的关系方有集装箱运输经营人、无船承运人(NVOCC)、实际承运人、集装箱租赁公司、集装箱码头（堆场）和货运站。
他们经营集装货运的揽货、装箱、拆箱、内陆运输及经营中转站或内陆站业务，可以具备实际运输工具，也可不具备。
减少货损货差，提高货运质量。由于集装箱是一个坚固密封的箱体，集装箱本身就是一个坚固的包装。货物装箱并铅封后，途中无须拆箱倒载，一票到底，即使经过长途运输或多次换装，不易损坏箱内货物。集装箱运输可减少被盗、潮湿、污损等引起的货损和货差，并且由于货损货差率的降低，减少了社会财富的浪费，也具有很大的社会效益。
减少营运费用，降低运输成本，由于集装箱的装卸基本上不受恶劣气候的影响，船舶非生产性停泊时间缩短，又由于装卸，装卸时间缩短，对船公司而言，可提高航行率，降低船舶运输成本，对港口而言，可以提高泊位通过能力，从而提高吞吐量，增加收入。
由于集装箱装卸效率很高，受气候影响小，船舶在港停留时间大大缩短，因而船舶航次时间缩短，船舶周转加快，航行率大大提高，船舶生产效率随之提高，从而，提高了船舶运输能力，在不增加船舶艘数的情况，可完成更多的运量，增加船公司收入，这样率导致益。
集装箱运输中的港口的投资也相当大。集装箱泊位的码头设施包括码头岸线和、货场、货运站、维修车间、控制塔、门房，以及集装箱装卸机械等，耗资。
为开展集装箱多式联运，还需有相应的内际设施及内陆货运站等，为了配套建设，这就需要兴建、扩建、改造、更新现有的公路、铁路、桥梁、涵洞等，这方面的投资更是惊人。可见，没有足够的资金开展集装箱运输，实现集装箱化是困难的，根据国力量力而行，后实现集装箱化。
由于集装箱运输在不同运输方式之间换装时，勿需搬运箱内货物而只需换装集装箱，这就提高了换装作业效率，适于不同运输方式之间的联合运输。在换装转运时，海关及有关监管单位只需加封或验封转关放行，从而提高了运输效率。
