专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
审计报告是注册会计师对财务报表是否在所有重大方面按照财务报告编制基础编制并实现公允反映发表实际意见的书面文件，因此，注册会计师应当将已审计的财务报表附于审计报告之后，以便于财务报表使用者正确理解和使用审计报告，并防止被审计单位替换、更改已审计的财务报表。
改制审计 ：各类全民所有制或个体所有制企业改变其所有权性质，包括该企业投资认定、损失认定、财务状况的认定情况等出具审计报告，提供有关财政、工商、企业主管部门使用。
贷款审计 ：各类企业是否具备银行要求的贷款条件，需对其财务报表（资产负债表、利润表、现金流量表）中的资金使用，财务的管理、经营效益等财务状况出具审计报告。
损益表审计
需审查内容有∶
（1）检查损益表内各项目填列是否完整，有无漏填、错填;核对各项目数字之间的钩稽关系。
（2）检查损益表与其他报表的勾稽关系。
（3）核对损益表各项目数字与相关的总账、明细账数字是否相符。
（4）结合对成本费用、销售收入、利润分配等有关明细账的检查，核实成本费用、各项收入、投资收益和营业外收支等项教字是否准确
（5）结合对纳税调整的检查，核实所得税的计算是否正确，
审计类别及需要审计资料
A类
1、会计报表及附注;
2、全部账目;
3、会计凭证;
4、电子版科目余额表-1级至末级的期初、期末和累计发生额;
5、银行存款对账单、余额调节表;
6、房屋、车辆产权证明;
7、长短期投资，投资协议、被投资单位营业执照、被投资单位会计报表;
8、长短期借款合同 ;
9、固定资产折旧表;
10、存货盘点表;
11、纳税申报表及缴款书;
12、发票使用情况汇总表;
13、往来明细;
B、审计备查资料类：
1、营业执照 、开户许可证;
2、税务登记证;
3、组织机构代码证书 (三证合一仅需提供营业执照);
4、公司章程、协议;
5、设立、变更验资报告;
6、以前年度审计报告;
7、财务会计制度及相关内部控制制度;
8、股东会、董事会重大决议等文件;
