认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
食品GMP接受委托代工之产品申请认证时，认证工厂应于委托代工合约书中，载明委托代工厂商不得冒用该委托代工产品之认证标志及字号。接受委托代工之认证工厂应对上述仿冒情节负监督责任，如有发现仿冒事实时，应立即通报食品GMP认证执行机构处理。认证工厂如未善尽监督上述仿冒之职责，经查明属实者，得登录该工厂及产品年度缺点各一次，并列入加严追踪管理。
食品GMP认证体系之相关人员，于处理厂商文件数据时应遵守下列原则：
一)厂商检送之文件资料内容，如有保密必要者，得不必检附或予以涂销，但于接受现场评核时，应准许评核人员在现场查阅。
二)食品GMP执行机构应依据「食品GMP认证体系数据保密处理要点」之规定，督导有关人员确实执行，以防止泄漏业者产业机密。
三)赴厂辅导或评核有关人员，未经厂商许可不得擅自影印或抄录厂商任何文件或数据。
认证工厂或其产品被取消食品GMP认证资格者，于取消通知文到日起六个月内，不得以被取消认证资格之工厂或产品，再申请食品GMP认证。
食品GMP现场评核人员应符合「食品GMP现场评核委员遴选作业要点」之规定。
GMP的中心指导思想是：食品质量是在生产过程中形成的，而不是检验出来的。因此强调预防为主，在生产过程中建立质量体系，实行全面质量，确保食品质量。
“GMP”是英文Good Manufacturing Practice 的缩写，中文的意思是“良好作业规范”，或是“优良制造标准”，是一种特别注重在生产过程中实施对产品质量与卫生安全的自主性管理制度。
