由于复合碘对于原生动物的蛋白质都有阻碍合成的作用，所以使用后池塘中的有益菌会和其他真菌、病毒一样都会被杀灭掉。所以，在使用了复合碘之后还是需要对池塘进行重新培菌
复合碘的优点
复合碘的杀菌效果比较好，易溶于水也不会脱碘，性能比较多稳定，有效浓度低不会**皮肤和黏膜等优良性能。复合碘可以安全用于水生生物细菌性疾病和病毒性疾病的防治，而且复合碘没有**性，因此它可以用于鱼卵的药浴消毒和苗种浸浴。
复合碘水产消毒时间
一般在第二次杀虫后的第二天，用复合碘溶液对整个塘口进行消毒，好的消毒时间是在阳光明媚的早晨，另外使用鳃腐康预防塘口出现烂鳃病
