招标方在实际选择过程中，多数时候会选择受自己控制或与自己有利益关系的代理机构，来增大意向性中标单位中标的机率或使其终中标。在招投标活动中寻找招标代理机构的目的原本是减少甚至避免招标人与与投标人的直接接触，防止腐败行为的产生。但在实际选择的过程中，招标方的某些不当行为会导致代理机构的立性降低或丧失。
招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
在招标活动中，投标方为了后中标，一般会采取串标、陪标等方式来骗取中标。常见手段有：一是由于招标方与某一投标方之间存在某种利害关系，招标方会通过泄漏标底、串通等形式与投标方串标，以帮助投标方中标获得承建资格。
招标方考虑到自身利益或者与投标方存在的利益关系，在对评标成员进行选择时通常不会按照规定采取随机抽签临时选择的方式。甚至有时招标方、评标成员和投标方相互勾结，进行权钱交易或偏向性评分。在对评标进行审计时，审计人员应对其的产生方式与立性进行着重审查，防止评标不公平现象的产生。
在进行招投标审计时，审计人员常采用的审计评价体系一般包含内容较不全面，并且评价体系中所含定量指标较少，于是就会产生随意性较大、主观判断过多等缺点，在很大程度上会影响到评价结果的公正性。这是因为参与招投标审计工作的大多数审计人员的多复合度不强且他们的胜任能力也不高。他们之间很少有人能综合运用工程、财务、法律等多方面的知识从多角度来思考构建招投标审计的评价体系，从而导致现有评价体系不能科学、全面地对招投标活动进行评价，严重制约着招投标审计的质量与发展。所以审计人员在提升自身素养的同时，还要不断完善招投标审计评价体系，增加定量指标，减少定性指标，使审计结果更加客观，公正。
评标就是对投标文件的评审和比较，根据什么样的标准和方法进行评审，是一个关键问题，也是评标的原则问题。因此，评标的审计，是招投标审计的重中之重，这一过程应根据招标项目的不同类型，审计评标内容、评标依据、评标方法和评标过程。 1、评标内容。评标的主要内容，是决定投标胜负的关键性竞争。审计时应审查评标内容的全面性和评标标准的合理性和科学性，评标标准不得含有倾向或者排斥潜在投标人的内容，不得妨碍或者限制投标人之间的竞争。 2、评标依据。评标应当依据招标文件的规定以及招标文件所提供的内容评议，不得临时采取招标文件以外的标准和方式进行评标。评标时，招标单位不得任意修改招标文件的内容或提出其他附加条件作为中标条件。审计时，应坚持公开、公平、公正的原则，确保评标过程中平等、公正的对待所有投标者。
