树脂在使用过程中应防止悬浮物、有机物及油类等的污染，同时又要防止某些废水对树脂的剧烈氧化作用。因此，酸性氧化废水进入阴树脂前应去除重金属离子，以防止重金属对树脂的催化作用。每次设备运行完毕后应将交换柱中废水排回废水池，代之以自来水或净化水浸泡。树脂饱和后要及时再生，再生后不宜长期在原液中浸泡停放，应及时淋洗干净。
离子的选择性除与其本身及树脂有关外，还与温度、浓度及pH值等因素有关。上述树脂的选择规律，只适于低浓度的水溶液中。在浓度水溶液中(一般离子浓度在3mol/L以上)，情况就比较复杂，甚至会出现相反的选择顺序。树脂的再生就是利用浓度的酸、碱、盐来实现的。
正常运行状态下的树脂，在失效过程中，树脂颗粒会产生膨胀或收缩的内应力。树脂在长期的使用中，多次反复膨胀和收缩，是造成树脂颗粒发 生裂纹或破碎的主要原因。树脂膨胀与收缩的速度取决于树脂转型的速度，而转型的速度又取决于进水的盐类浓度和流速。
离子交换法是利用离子交换剂对废水中的有害物质进行交换分离，常用的离子交换剂有腐殖酸物质、沸石、离子交换树脂、离子交换纤维等。离子交换的运行操作包括交换、反洗、再生、清洗四个步骤。此方法具有操作简单、可回收利用重金属、二次污染小等特点，但离子交换剂成本，再生剂耗量大。
离子交换树脂在使用前，对其进行预处理。有的不进行预处理，而有的处理方法不当或处理程序不完善，达不到树脂预处理的目的，大大降低了树脂的使用寿命，严重的可造成树脂结构破坏而报废。
运行中的树脂也经常被重金属离子及其氧化物污染，其中常遇到的是铁的化合物。阴树脂被污染的可能性更大，这主要是因再生阴树脂的碱不纯，特别是由于液体碱中含有铁的化合物比较多而引起的。铁与大分子有机物生成络合物进入阴树脂网络，也会导致阴树脂受到污染。
