科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部
地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
在收到各地方、部门申报文件后，提出初审意见告国家经贸委和外经贸部。国家经贸委对部门及地方申报的企业进行审查，将符合条件的企业的审查意见送外经贸部，由外经贸部予以审核批复。
