目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
层要重视研发部门的设置
包括人员的配备和设备的配备。要重视研发部门与财务部门的沟通与协调。研发部门在制订研究开发项目立项报告的基础上与财务部门共同建立研发投入核算体系，建立研发人员的绩效考核奖励制度。研发部门与财务部门共同按月编制研究开发项目立项报告及企业研究开发项目情况表，以各个研发项目为单位分别进行测度并加总计算研发费用。
建立材料、工装准备控制制度
财务部门在每月的月底处理完所有的研究开发项目的领料单、出库单。财务部门和研发部门每月核对领料情况，财务部门作为研发费用记账依据的原材料领用单经过研发部门有关负责人签署。财务部门依据各研究开发项目的工装准备费用单据计算各项目的工装准备费用。
正确核算高新技术产品（服务）收入
按照技术转让合同和其他合同分明细项目进行核算，尽量与所进行的研究开发项目对应，归属哪个项目的收入就列在该项目名下，并且与非高新技术产品 (服务 )区别开。
至于申报中需要多少个，说法不一。
总结有两种声音：
种：1个发明或5个实用新型 ；
第二种：15-18个。
认为只需要1个发明或5个实用新型即可申报高企的机构：让客户一下子申报十多个，就是在坑钱。
认为需要15-18个的机构：只拥有1个发明或5个实用新型就去申报，是对政策条件的肤浅认识，是在让客户冒险，看似给客户省钱，实际得不偿失。
说明：我委从未委托任何单位或个人为申请单位代理申请事宜，请申请单位自主申报。我委将严格按照有关标准和程序受理，不收取任何费用。如有任何中介机构和个人假借我委和工作人员名义向申报单位收取费用的，请知情者即向我委举报。
备注：
1．知识产权相关材料：知识产权授权证书或授权通知书及缴费收据；国家知识产权局等上公布的摘要，通过转让、受赠、并购取得的知识产权需提供相关主管机关出具的变更等材料。知识产权有多个权属人时，应提交只有一个权属人在申请时使用的承诺书；
2．科研项目立项：已验收或结题项目需附验收或结题报告；
3．科技成果转化：总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明。成果来源可从、技术诀窍、项目立项等方面提供材料；转化结果可从生产批文、新产品或新技术推广应用、产品质量检验报告等方面提供材料；
4．研究开发的组织管理：研发组织管理制度、研发投入核算体系、研发费用账；研发机构建设及设备设施、开展产学研合作活动；成果转化的组织实施与激励奖励制度、创新创业平台建立情况；科技人员的培养进修、职工技能培训、人才引进，及人才绩效评价奖励制度等材料。
