尘室设计时，要注意尽量避免可能发生的污染。设备日常运作、保养、生产过程，人员活动及其他要素是无尘室内污染并扩散的原因。因此，希望在不影响产品和生产进度的前提下，对污染进行充分的清洁。清洁程序按照不影响生产要求的洁净度前提下，制定整体的清洁方案。清洁好避开生产作业时。如果无法避开，要把影响降到低并对制定特定的清洁程序。
无尘室内，区域及接触面的洁净度希望能够按照对产品及生产过程的影响程度进行分类，制定相关的分类标准和对应的清洁标准，并按照不同类别有针对性的进行清洁。
一般无尘室接触面
在无尘室内，除去生产地点，单一方向气流的局部管控之外的接触面为一般无尘室接触面。为了防止一般接触面的异物移动污染到接触面，需要对一般接触面进行定期的清扫。
真空清扫是粗清扫和普通清扫常用的，一般区域和区域清扫中重要的步。真空清扫是水+拖把清扫的前提，对除去大颗粒异物，玻璃碎屑效果明显，但是并不能取代水+拖把清扫。真空清扫请务必按同一方向进行，以免造成地面及作业员周围空气乱流。真空清扫使用HEPA（滤网）、ULPA（低效滤网）及真空除尘器。如果有可吸入液体的真空吸湿器，在拖地时和拖完后，地面上剩余的水或浮游颗粒可被去除，起到干燥作用。
玻璃及玻璃产品的碎屑等大的废弃物被真空吸尘器去除。吸不到的地方可以在进行擦洗前进行明确标示。地面按照规定的流程使用湿式或者药液清扫方式。清扫期间，采用纯水或是药液时，为降低污染应该频繁换水。对于大面积的地面，除了按照规定流程作业外，为方便管理将地面划分不同区域进行清扫。清扫应从区域向一般区域方向进行。在无尘室内的清扫顺序并不是一成不变的，在洁净度要求很高的时候，有时要重复使用拖把，达到地面干净。 清扫时，为了防止不经意的危险，遇到阻碍物要迂回擦拭。药液和纯水拖地之后用真空吸湿器将多余的水吸走，缩短干燥时间。对于去除地面顽固性脏污，采用水喷雾/擦洗+真空吸湿器清扫。
墙壁、门、送风口、窗、侧面
在单一方向气流的无尘室内，产品生产作业时不要清扫送风口附近区域，要在停止作业时或产品移出该区域后，再或者将产品覆盖保护之后再进行清扫。采取真空吸入的方式和特殊的地方加上拖把清扫的清洁方式。具体方法根据洁净度要求而定。非单一方向气流的无尘室内，好在没有生产作业时再进行清洁。
天花板、出风口、照明器具
靠近送风口附近的天花板和其他固定器具，在生产作业时不要清扫。送风口和天花板网格线要深入清洁。送风口的滤网可取下清洗或是更换。更换照明灯管前要先擦拭干净。
机械设备有很多供输管道、电线和连接部位，清扫时要注意检查管道和电线的破损情况，断开电源之后再进行清扫，防止危险的发生。机械设备有很多与产品直接接触的接触面，好进行等级划分，根据洁净度等级要求选择合适的清扫方式，并对不同等级区域进行标示，方便清扫正确进行。
a)设备的外表面跟无尘室内的洁净度是一致的。同墙壁、水平面、垂直面一起按照合适的顺序清扫。
b)设备的内表面分为设备内壁和内部设备接触面。内壁将重要的产品生产区域隔离开，内壁的清扫应该在内部设备接触面清洁之后再进行清洁。内部设备接触面的清扫除了要清洁之外还要定期保养维护。
c)与产品接触的接触面是离产品近的地方，因此有产品在时不可按照清扫顺序及流程进行，需根据洁净度要求进行，并以文件方式规定。
清扫人员需要进行必要的培训。各工站有的人员进行清扫。的人员，经过培训之后负责清扫工作也是很普遍的事情。
