目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
建立外包制度 所有研发活动的外包合同经过研究开发项目负责人签署。财务部门依据经过签署的研发活动外包合同和对方提供的有效付款凭证，以及表明经过研究开发项目负责人签署的外包研发活动进展情况的验收确认单据付款，会计人员核对合同和付款单据后记账。研发机构对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出在费用单据上进行标注，并经相关负责人审批。财务部门对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出分别设立账户核算。所有的外包支付申请说明外包所属的研究开发项目名称、项目编号。财务部门依据研究开发项目名称、项目编号将外包费用计入相应的研究开发项目。
说明：我委从未委托任何单位或个人为申请单位代理申请事宜，请申请单位自主申报。我委将严格按照有关标准和程序受理，不收取任何费用。如有任何中介机构和个人假借我委和工作人员名义向申报单位收取费用的，请知情者即向我委举报。 备注： 1．知识产权相关材料：知识产权授权证书或授权通知书及缴费收据；国家知识产权局等上公布的摘要，通过转让、受赠、并购取得的知识产权需提供相关主管机关出具的变更等材料。知识产权有多个权属人时，应提交只有一个权属人在申请时使用的承诺书； 2．科研项目立项：已验收或结题项目需附验收或结题报告； 3．科技成果转化：总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明。成果来源可从、技术诀窍、项目立项等方面提供材料；转化结果可从生产批文、新产品或新技术推广应用、产品质量检验报告等方面提供材料； 4．研究开发的组织管理：研发组织管理制度、研发投入核算体系、研发费用账；研发机构建设及设备设施、开展产学研合作活动；成果转化的组织实施与激励奖励制度、创新创业平台建立情况；科技人员的培养进修、职工技能培训、人才引进，及人才绩效评价奖励制度等材料。
