利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降***。
含木瓜蛋白酶的***，如木瓜润喉片、木瓜肠溶片（胶囊）、木瓜含片，具有***、利胆、止痛、助消化、***等功效，进一步研究表明亦可用于检查红细胞表面及血型鉴别剂、***妇科病、青光眼、昆虫的叮咬等。
羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，舒适、抗收缩、抗张强度等效果收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。分解饲料中蛋白质成氨基酸，增加营养物质的渗出量，利于家禽对蛋的吸收和利用，同时补充动物内源酶不足，提高饲料利用率及降低饲料***，增强食欲，进而促进动物生长，提高日增重及成活力，还可以作为蔬菜水果复合肥料的添加剂。
酶活力定义：紫外光分光度法：在测定条件（37±0.2℃；PH值7.0）每分钟水解酪蛋白释出的三氯乙酸可溶物在275nm波长有吸光度与1微克酪氨酸的吸光度相当时，所需的酶量即为一个活力单位，用u/g表示。
反应温度50—55℃，温度因底物的种类及浓度不同而有所改变；适宜PH值6—7，PH可因底物的种类、浓度不同而有所改变；添加量一般为0.1—0.3%(1000—3000u/g蛋白质)，根据不同底物作适当增减，反应时间作相应缩短或延长。
