木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白质,避免冷藏后引起的浑浊)、肉类软化(水解肌肉蛋白和胶原蛋白,使肉类软化)、谷类预煮的准备、水解蛋白质和肉类香料的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为1~4mg/kg促使饼干中面筋的分解,以使成品松软。肉类软化有多种蛋白酶可用,比较如下表所列。
木瓜蛋白酶是一种含巯基(-SH)肽链内切酶,有蛋白酶和酯酶的活性,对动植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有较强的水解能力,但几乎不能分解蛋白胨。
利用木瓜蛋白酶能裂解肉类中的胶原蛋白和肌肉纤维,而使肉的结构松散。由于木瓜蛋白酶是半胱氨酰基蛋白酶,能降解胶原纤维和结缔组织蛋白质,它将肌动球蛋白和胶原蛋白降解成为小分子的多肽甚至氨基酸, 令肌肉肌丝和筋腰丝断裂, 使肉类变得嫩滑,并简化蛋白质结构使人体食用后易于消化吸收。
