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发酵温度一般分为常温(变温)、中温和高温。其中，常温发酵不需要对消化罐进行加热，投资小、能耗低、运行费用低，但沼气的产量低，有机物的去除和发酵速率也较慢，适用于长江以南地区。高温发酵需对消化罐进行加热，温度一般为 55~60C，具有产气量大、发酵周期短及环卫效果好的优点，缺点是投资大、耗能高和运行费用高，目前主要用于处理城市粪便。中温发酵可根据我国南北气候的变化对发酵罐进行适当加热，温度控制为 28~35°C。由于中温发酵兼有常温发酵和高温发酵的一些优点，是目前大多数畜禽粪便处理采用的一种方法。
