认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
食品GMP接受委托代工之产品申请认证时，认证工厂应于委托代工合约书中，载明委托代工厂商不得冒用该委托代工产品之认证标志及字号。接受委托代工之认证工厂应对上述仿冒情节负监督责任，如有发现仿冒事实时，应立即通报食品GMP认证执行机构处理。认证工厂如未善尽监督上述仿冒之职责，经查明属实者，得登录该工厂及产品年度缺点各一次，并列入加严追踪管理。
食品GMP的基本精神：
1、降低食品制造过程中人为的错误。
2、防止食品在制造过程遭受污染或品质劣变。
3、建立健全的自主性品质体系。
食品GMP的基本原则是：
（一）食品GMP之推行，采认证制度，由业者自愿参加。
（二）食品GMP之订定分通则与专则两种，通则适用所有食品工厂，专则依个别产品性质不同及实际需要予以订定。
（三）食品GMP产品之抽验方法，订有中国国家标准者应从其规定，未订者得参照检验单位或学术研究机构认同之方法。
