全过程一般可分3个阶段：
准备阶段
主要的工作包括：①路线踏查，统一调查技术，确定土壤调查的填图单元。②收集并阅读调查区内各种有关自然、社会经济、农业和土壤的资料和图件。③准备供调查填图时用的底图，通常选用大于成图比例尺的符合精度要求的地形图(或地形-地块图);也可用航片或卫片判读方法进行。④准备调查用的装备、工具和化学分析设备等。
野外作业阶段
按统一的调查技术要求进行以下工作：①依照技术规程要求，在规定的面积范围内挖掘具有代表性的土壤剖面,进行观察、描述、记载和比较,并采集供各种用途的土壤标本。②根据土壤剖面形态特征，确定土壤变异的界线和勾绘土壤草图。③研究调查区内土壤的特性、分布与成土因素、人为因素之间的关系，以揭示土壤类型的差异及其自然分布规律。④根据成土条件和土壤特性提出土壤合理利用的途径。
室内整理资料阶段
主要的工作包括：①将野外各种资料和化学分析资料进行整理、归纳和系统化；②根据经整理的资料制订土壤分类系统和制图单元系统；③绘制土壤图和其他有关图件；④编写土壤调查报告和有关图件的说明书等。
调查资料的应用
土壤调查资料（土壤图、调查报告以及其他有关的各种图件或文字说明）可以作为全国性或区域性的综合自然区划、农业区划以及国土整治规划的依据之一,也是农业生产单位(乡、村及农、林、牧场)进行生产规划和制订改土培肥措施的重要根据。某些性的土壤调查，如荒地资源调查、工程土壤调查、低产土壤调查、侵蚀土壤调查、污染土壤调查、自然保护区土壤调查以及军事土壤调查等，其目的性和服务对象更为明确，应用性更强。
地下水现状调查应遵循如下几个原则：
(1) 以收集现有有效资料为主，在现有资料不足以说明问题时，应补充少量的勘探工作。
(2) 现状调查要紧紧围绕评价大纲规定的内容进行，既不能对内容和深度要求过高，但也不应降低应进行的工作。
(3) ，有针对性地回答所关心的地下水环境问题。
(4) 调查应有足够的质量措施，以调查结果的有效性和可靠性。
水文地质条件调查
主要内容包括：
(1) 气象、水文、土壤和植被状况。
(2) 地层岩性、地质构造、地貌特征与矿产资源。
(3) 包气带岩性、结构、厚度。
(4) 含水层的岩性组成、厚度、渗透系数和富水程度：隔水层的岩性组成、厚度、渗透系数。
(5) 地下水类犁、地下水补给、径流和排泄条件。
(6) 地下水水位、水质、水量、水温。
(7) 泉的成因类型．出露位置、形成条件及泉水流量、水质、水温．开发利用情况。
(8) 集中供水水源地和水源井的分布情况(包括开采层的成井的密度、水井结构、深度以及开采历史)。
(9) 地下水现状监测井的深度、结构以及成井历史、使用功能。
(10) 地下水背景值(或地下水污染对照值)。
