在代理记账法律关系中，受托人的法律地位问题，应该说一直没有得到的解决，实践中争议很大。代理记账机构潜力未充分发挥。代理记账机构的数量在不断增加，但整体规模普遍较小，代理业务范围不宽。真正能提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等会计服务的机构很少。
代理记账机构内部管理混乱。实际执行中很多代理记账业务操作不规范、内部管理制度不健全现象十分普遍，部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
代理记账机构执业质量不乐观。会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
代理记账机构及其从业人员的义务：
（1）按照委托合同办理代理记账业务，遵守有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定；
（2）对在执行业务中知悉的商业秘密应当保密；
（3）对委托人示意其作出不当的会计处理，提供不实的会计资料，以及其他不符合法律、行政法规和国家统一的会计制度规定的要求，应当拒绝；
（4）对委托人提出的有关会计处理原则问题应当予以解释。
