认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
食品GMP认证体系之相关人员，于处理厂商文件数据时应遵守下列原则：
一)厂商检送之文件资料内容，如有保密必要者，得不必检附或予以涂销，但于接受现场评核时，应准许评核人员在现场查阅。
二)食品GMP执行机构应依据「食品GMP认证体系数据保密处理要点」之规定，督导有关人员确实执行，以防止泄漏业者产业机密。
三)赴厂辅导或评核有关人员，未经厂商许可不得擅自影印或抄录厂商任何文件或数据。
通过执行GMP这一系列的规程，藉以达到一个共同的目的：
--防止不同食物或其成份之间发生混杂；
--防止由其它食物或其它物质带来的交叉污染；
--防止差错与计量传递和信息传递失真；
--防止遗漏任何生和检验步骤的事故发生；
--防止任意操作及不执行标准与低限投料等违章违法事故发生；
