根据新的《注册会计师法》规定：第十五条：“注册会计师可以承办会计咨询、会计服务业务。”从而为代理记账业务的开展提供了合法的中介机构。
有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。 代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务： （1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证； （2）应当配备专人负责日常货币收支和保管； （3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料； （4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
代理记账机构及其从业人员的义务： （1）按照委托合同办理代理记账业务，遵守有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定； （2）对在执行业务中知悉的商业秘密应当保密； （3）对委托人示意其作出不当的会计处理，提供不实的会计资料，以及其他不符合法律、行政法规和国家统一的会计制度规定的要求，应当拒绝； （4）对委托人提出的有关会计处理原则问题应当予以解释。
