由于冰河运动、地壳变迁等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，经过亿万年的演变，生物硬体部才被保存下来。但躯体肉质软组织（包括耳朵、内脏器官）演变为化石的可能性微乎其微，在自然环境下很容易被微生物腐蚀溶化，所以很难形成实体肉化石，因存世量少收藏价值。学者黄锦祥发现的“耳朵”化石，使我们清楚了解到地球上确实有“肉化石”存在，是人类自然科学史上的一次重大发现。 [1-2]
通常如肌肉或表皮等柔软部分在保存前就已腐蚀殆尽，而只留下抵抗性较大的部分，如骨头或外壳。它们接着就被周围沉积物的矿物质所渗入取代。许多化石也被覆盖其上的岩石重量压平。
早可以被明确归类于植物界的化石是在寒武纪时的绿藻化石。这些化石像是绒枝藻目钙化了的多细胞成员。更早的前寒武纪化石中有发现像是单细胞绿藻的化石，但依然不确定是何种藻类。
