内藏式冷藏集装箱是在隔热结构集装箱内安装冷冻机，无论在 船上、码头、陆运中，只要供给电源，箱内即可保持果蔬运输所需 温度。内藏式冷集装箱目前都采用自动调节温度，一般保持在零下 28°C的温度范围，所以应用较为广泛，效果也佳。
二手冷藏集装箱在装载水果时，可以考虑水果的呼吸作用和乙烯的催化作用来控制内部的交换。气调法是指将果蔬以一般方法用气密材料包裹，使果蔬依靠自身呼吸，使贮藏环境气体含量达到适当标准，跳入气体，保持各种气体平衡。通过仪器检测，可以检测和调整冰箱内的气体含量，冰箱内部的各种气体成本与设定标准一致。
很多货主在出口冷藏货物装箱的时候，会将冷藏集装箱预冷到设定温度，这种做法其实有可能会对货物和冷藏集装箱两者都带来不良影响，这是不科学的做法，会因此不能的集装箱冷藏(冻)运输。
冷藏集装箱在冷却过程中经常发生故障，造成这种故障的原因很多。例如，冷藏集装箱在运行时设定的温度与人工实测的温度相同，但冷武箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探测器出现故障。虽然还有其他故障原因，但不管是什么原因，都要准备检查和维修。
为了避免冷藏集装箱内壁面产生凝结水，可采取如下措施： 1． 如果箱内湿度正常，则应设法提高隔热壁的内部热阻（减小K值），或设法减小内表面的对流热阻，以提高内壁面的温度t2，例如增加箱内空气流速。 2． 如果箱内空气湿度很大时，采用上述方法是无效的。这时，应该在内壁面增加防水层，以免水分渗入隔热壁内部。 至于隔热壁内部结露，主要是由于箱内外水蒸气的压力差和隔热壁的渗透性造成的。由于隔热壁两侧空气温度的不同，即使两侧空气的湿度相等，温度高的一侧空气的水蒸气分压力也比温度低的一侧大。这样会产生水蒸气分压力差，此时水蒸气将从水蒸气分压力高的一侧通过隔热壁向分压力较低的一侧渗透。
冷藏集装箱制冷方式 机械压缩制冷：目前是一种成熟且应用广泛的制冷方式，分为电驱动和自容式动力直接驱动。目前可以满足海上运输的要求。为了解决陆地运输中的能源问题，可以配置发电机组或悬挂式电源。由于整套设备和系统的复杂性，维护工作量大，管理成本高。用于冷藏集装箱的制冷机组具有以下特点。 1、制冷量一般为3000～5000w。 2、压缩机为半封闭或全封闭单级活塞式。 3、冷凝器为风冷式或水冷式。 4、由电力驱动，可适应200V、400V电压及50Hz、60Hz循环电源。 5、蒸发器为风冷式，其风扇可逐步变速。 应使用非氟氯化碳制冷剂，如R22、R134a或R404A。对于使用R12作为制冷剂的现有装置，考虑更换。 7、布局应尽可能紧凑，以尽可能少地占用箱内空间，在给定横截面的条件下，应尽可能减少单元的厚度。
