专为运输要求保持一定温度的冷冻货或低温货而设计的集装箱。它分为带有冷冻机的内藏式机械冷藏集装箱和没有冷冻机的外置式机械冷藏集装箱。适用装载肉类、水果等货物。冷藏集装箱造价较高，营运费用较高，使用中应注意冷冻装置的技术状态及箱内货物所需的温度。
冷藏集装箱是指具有隔热的箱壁（包括端壁和侧壁）、箱门、箱底和箱顶，能阻止内外热交换的集装箱。冷藏集装箱包括耗用冷剂式冷藏集装箱、机械式冷藏集装箱、制冷/加热集装箱、隔热集装箱以及气调冷藏集装箱等。
冷藏集装箱采用镀锌钢结构，箱内壁、底板、顶板和门由金属复合板、铝板、不锈钢板或聚酯制造。
国际上集装箱尺寸和性能都已标准化。
使用温度范围为-20℃～12℃，更通用的范围是-20～20℃
冷藏集装箱使用中可以整箱吊装，装卸，运输费用相对较低。
装载容积利用率高，营运调度灵活，使用经济性强。
新型冷藏集装箱结构和技术性能更合理，有广泛适用性。
冷藏集装箱的水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，就注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。
冷藏集装箱的一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
随着现代化集装箱码头在世界各地的新建和集装箱码头基础设施和设备的不断完善，门到门的冷藏集装箱运输为食品冷链运营提供广阔的发展空间。因为满载食品、水果或者果汁的冷藏集装箱可以直接从农场、果园或者加工厂开到超级市场仓库或者配送中心，而拥有自足或者电力供应系统的冷藏集装箱本身也是冷藏食品的临时仓库，在远洋货轮、火车、驳船或者卡车上远途运输，尤其是现代化集装箱船可以把大批水果冷藏箱从拉丁美洲，长途跋涉地运到远东，中东、北美和欧洲等地区。
二手冷藏集装箱尺寸规格如下:
20尺小箱(20GP)(长6/宽2.35/高2.4/容积33.2立方米)
40尺平箱(40GP)(长12/宽2.35/高2.4/容积67.7立方米)
40尺高箱 (40HQ) (长12/宽2.35/高2.7/容积76.3立方米)
45尺高箱(45HC)(长13.5宽2.35/高2.7容积86立方米)
冷藏集装箱出租是指集装箱增加了冷藏功能后对外出租的一种方式，早期很多食品两地运输的距离过长，路上花的时间过久导致变质损坏，慢慢的人们就在集装箱里面增加了冷藏功能，这就是冷藏集装箱的来源。现在陆运或者海运冷藏集装箱的使用率都很高，已经变成了一种通用的运送工具。
