当冷却水流经金属表面时，有碳酸盐的生成。另外，溶解在冷却水中的氧还会造成金属腐蚀，形成铁锈。由于锈垢的产生，冷凝器换热效果下降。严重时不得不在壳体外喷淋冷却水，结垢严重时会堵塞管子，使换热效果失去作用。研究的数据显示水垢沉积物对热传输的损失影响，随着沉积物的增加会造成能源费用的加大。即使很薄的一层水垢就要增加设备中结垢部分40%以上的运行费用。保持冷却通道中不含矿物沉积物可以很好的提高功效、节约能源、延长设备的使用寿命，同时节约生产时间和费用。
针对冷凝器防腐问题，西方国家多采用高分子复合材料的方法进行保护，其中应用多的是技术产品。其具有的粘着性能及抗温、抗化学腐蚀性能，在封闭的环境里可以安全使用而不会收缩，特别是良好的隔离双金属腐蚀和耐冲刷性能，从根本上杜绝了修复部位的腐蚀渗漏，为冷凝器提供一个长久的保护涂层。
风冷式冷水机的冷凝器特点是一空气为冷却介质、其传热系数低，无需接水管所以不需要冷却水系统、安装灵活且造价低。水冷式冷水机的冷凝器特点是传热、结构紧凑，适用于各类型冷水机。但需要设置冷却水系统安装散热水塔水泵和管路，增对大型冷水机使用，产生水垢要定期清洗。
目前常用的是板片式、翅片式和壳管式。蒸发式冷水机的冷凝器的特点是利用水在管壁外蒸发吸收热量的一种冷凝器，相当于冷凝器与水冷却塔的组合。采用这种冷凝器可省去水冷却塔，但其体积大、传热系数小、且管壁外结水垢难于清除。
用扁铲和小锤沿管道外表面蔽击，将管外的水垢清除。这种方法适用于淋激式冷提器。若是需清除冷冻机是壳管式冷凝器管内水垢时，可用蛛旋形钥丝刷在管道内拉刷。人工除坛的方法简单，但除垢效果不好，效率低.而且劳动强度大。
工业锅炉蒸汽在用于化工、工业生产中，不可能被充分利用，这就需要工业冷凝器将蒸汽冷凝下来；或者工业蒸汽的温度过高，也需要冷凝器来用另一种冷介质对其降温，降到规定的温度后再用于生产工艺中。从而起到保护设备，节能降耗减排的目的。
