可以说复合碘是一种比较好的杀菌剂，具有杀菌速度快、杀菌广谱、水体环境适用度宽等特点。所以，复合碘在虾蟹养殖中是除了生石灰、二氧化氯、漂白粉、聚维酮碘之外的另外一个具有很好杀菌效果的碘制剂杀菌剂。
需要注意的是复合碘的用量不能太大，按照说明书的剂量来使用，一般浓度多控制到0.1ppm。浓度超标不仅会延长碘在池塘中的活性时间，更为重要的是这样的碘制剂用量超标还会对水产有毒害作用。
我们按照正常剂量进行使用，一般经过2-3天就可以进行培菌肥水了。因为碘制剂在水体中一方面经过杀菌而消耗掉，另外一部分因为受到光照而挥发掉。这个时间大概需要2-3天。所以，在使用了复合碘后好就是过2-3天再进行培菌肥水。
复合碘是很好的浸泡消毒药[消毒药，中药名。]品，主要是作为消毒剂使用，复合碘可以浸泡鱼卵，给器具消毒，很多时候都可以使用复合碘，因为复合碘中含有的碘元素活性很强，对细菌、病毒、霉菌、原生动物、芽孢、孢子虫、线虫均有抑制和杀灭的作用。
复合碘还可以使用在无鳞鱼[无鳞鱼是指天生无鳞和鱼鳞很小的鱼种，并不是单指一点鱼鳞都没有的鱼。]身上，由于无鳞鱼对许多消毒药具有很强的敏感性，比如江团、斑点叉尾鮰等，因此要使用比较温和的药物。
复合碘还可以用于治疗细菌性或病毒性疾病，在这方面复合碘有非常等的疗效，比如一些顽固性的烂鳃，只要坚持使用复合碘半个月就会得到很好的控制，但是在使用时需要注意碘的浓度要低于50ppm，否则对鱼类有毒，而且清洗过器具的消毒水[紫药水 即2%的甲紫溶液，甲紫又称龙胆紫。]应避免直接倒入养殖鱼塘。
复合碘的缺点：复合碘不能杀灭芽胞等一些比较顽固的细菌，因为这些复合碘对这些细菌并没有很大的效果，而且复合碘还比较容易对光敏感，易受有机物干扰。复合碘不能用在冷水鱼等对碘敏感的鱼身上，否则可能会因为使用不当而导致大量的鱼出现死亡现象，使用时也要注意检查鱼是否对复合碘过敏。
复合碘水产消毒时间
一般在第二次杀虫后的第二天，用复合碘溶液对整个塘口进行消毒，好的消毒时间是在阳光明媚的早晨，另外使用鳃腐康预防塘口出现烂鳃病
复合碘和分析纯碘有什么区别
复合碘和纯碘区别在于二者不是一类物质，用途作用都不相同。根据查询相关资料区别如下：
成分不同。复合碘伏含有碘、乙醇、醋酸氯己定等成分。碘伏的成分是单质碘与聚乙烯吡咯酮，主要是依靠碘释放的分子点起到抗菌作用。
