水中氨氮主要以游离氨与铵的形式存在，引起危害的主要是游离氨，并随着水体的碱性的增强而增强。氨氮的毒性随水体的PH值、温度增加而加大，当养殖用水中氨氮含量过高时会当起鱼虾的慢性中毒甚至暴发性死亡。
另外氨氮是植物的营养物质，如果湖泊、水库等缓流水体中含有大量的氨氮时会引起澡类的大量繁殖，导至水体的富营养化。
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