然而，与可再生能源制氢方式，如风电电解水制氢、光伏发电电解水制氢相比，甲醇制氢（无论是以煤炭还是天然气为原料）的碳排放仍处于较高水平。风电电解水制氢和光伏发电电解水制氢在制氢过程中几乎不产生碳排放，仅在设备制造、运输和维护等环节存在少量隐含碳排放 。
而甲醇制氢若采用天然气为原料生产甲醇再制氢，其碳排放主要集中在甲醇生产阶段，全生命周期碳排放约为 15 - 20kgCO₂/kgH₂ ，略天然气制氢；若采用煤炭为原料生产甲醇再制氢，碳排放则更高 。
但甲醇制氢过程中产生的二氧化碳相对纯净，更易于捕集和利用，在碳捕集与封存（CCS）技术应用方面具有一定优势。与电解水制氢相比，甲醇制氢的效益特点也十分明显。在经济成本上，电解水制氢的成本主要取决于电价。
但目前可再生能源发电受自然条件限制，稳定性较差，且电解水制氢设备成本高，导致其大规模应用受到一定制约。而甲醇制氢虽然存在碳排放，但技术相对成熟，供应稳定性较好，在现阶段更具应用优势。
减少了贵金属的用量，降低了成本 。目前该技术已进入中试阶段，预计在 2026 年实现商业化，有望为甲醇制氢产业带来革命性的变化。中科院上海高研院模仿氢化酶活性中心，设计出铁镍双金属有机框架（FeNi - MOF）催化剂，在常温常压下就能完成甲醇脱氢反应，能耗降低至传统工艺的 1/5 。
反应工艺优化方面，光热协同制氢和电化学原位制氢等新技术为甲醇制氢开辟了新路径。浙江大学研发的等离子体共振反应器，利用太阳光谱中红外波段（800 - 1200nm）直接驱动甲醇重整，系统能效达 68%，较传统热法提升 40% 。
