利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降***。
含木瓜蛋白酶的***，如木瓜润喉片、木瓜肠溶片（胶囊）、木瓜含片，具有***、利胆、止痛、助消化、***等功效，进一步研究表明亦可用于检查红细胞表面及血型鉴别剂、***妇科病、青光眼、昆虫的叮咬等。
用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等，衣物被血渍,牛奶,果汁,酱油油脂等污染后,如用普通洗涤剂,则一般很难消除这些污渍。如若在洗涤剂中加入蛋白酶可使汗渍,血渍容易除去，去污力强，***消毒、安全放心。
木瓜酶作用于人体皮肤老化角质层，促使其分解退化、去除达到***效果及促进细胞生长的效果，且木瓜酶水解物在皮肤表层形成一层氨基酸衍物薄膜，使肌肤保持润湿与光滑；木瓜酶易于与形成***的黑色素中的铜离子形成络合物，减少黑色素的形成和去除***的黑色素，且木瓜酶水解的三肽物质可直接抑制形成黑色素的酪氨酸活性、消除自由基作用，从而达到美白去斑的效果
此外还可加入加牙膏、漱口水、牙粉等,可清洁口腔，除去牙垢和牙结石，与其它溶剂配合可制成隐形眼镜的清洁消毒剂以及感光胶片银的回收等。
木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特异性蛋白水解酶,地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸,属于统基蛋白酶,它具有酶活高、热稳定性好、天ran卫生安quan等特点,因此在食品、饲料、日化、皮革及纺织等行业得到应用。
