高新技术企业认定部门一般是科技部、财政部、税务总局负责全国高新技术企业认定工作的指导、管理和监督。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构。认定机构下设办公室，由省级、计划单列市科技、财政、税务部门相关人员组成，办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
自主创新所具有的优点对高技术企业成长具有重要的意义。一是给予自主创新者的技术垄断地位和保护，自主创新在技术方面就具有了较强的壁垒。二是由于跟进者对新技术的解密、消化、模仿需要一定的时间，发展成为较强的竞争者也需要一定的过程，因此，自主创新企业能在一定时期内占某项产品或工艺的核心技术，使自己在竞争中处于有利地位。
高企认定费用具体描述：
一、一般来说，高企的费，仅仅是针对撰写会企业撰写申报材料而言。不包含其它费用。
二、在高企申报的整个过程中，虽然是由机构牵头来做。但需要知识产权机构、审计机构、检测机构、查新机构配合出具相应的报告，这些机构，我们统称为第三方机构。第三方机构在提供服务的时候，是需要收取对应的服务费用的。
三、对于机构而言，其费用一般不包含第三方费用。但如果应企业要求增加了第三方费用，肯定会对应提升整体费。例如:若机构预估审计费用为2万元，一般情况下，费用上浮一定超过2万元。
四、对于企业而言，寻找第三方机构并不难。而将第三方机构承包给高企机构，从成本上来讲是非常不划算的。里面肯定会出现大量的灰色费用地带。
