对经济特区内生产企业申请自荐进出口经营权试行自动登记制，经济特区的生产企业，注册资本200万元以上，并已投入生产，均可向当地外经贸主管部门申请登记，外经贸主管部门应在15个工作日内对符合条件的生产企业予以登记，即取得出口自产产品和进口生产所需的机械设备、原辅材料的进出口经营权，可按规定到海关、商检、外汇、工商、税务等管理部门办理有关手续。生产企业在申请自营进出口权的过程中，对外经贸主管部门的决定不服，可根据《行政复议条例》向外经贸部申请复议。
对经济特区内除生产企业以外的其他企业申请进出口经营权，试行由外经贸部总量控制，经济特区自行审批的办法。
即：在外经贸部重新核定各经济特区现有具有进出口经营权的企业（以下简称外贸企业）数量的基础上，按照外贸企业总数和一般贸易出口创汇规模挂钩的原则，各经济特区一般贸易出口创汇总额每增加1亿美元或一般贸易年出口创汇增长率每增加5%，可增加1家外贸企业。
科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部；地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
部门直属企业及沿海地区物资企业、商业批发企业年销售额在10亿元人民币以上，内地物资企业、商业批发企业年销售额在3亿元人民币以上；
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