生物箱的生物除臭工艺的原理是利用微生物的生物降解作用对臭气物质进行吸收和降解从而达到除臭的目的。臭气通过湿润、多孔和充满活性微生物的滤层，利用微生物对恶臭物质的吸附、吸收和降解功能，微生物的个体小、表面积大、吸附性强、代谢类型多样的特点，将恶臭物质吸附后分解成CO2、H2O、H2SO4、HNO3等简单无机物。生物滤池法除臭，适合大气量低浓度的废气处理。
污染物去除的实质是以臭气作为营养物质被微生物吸收、代谢及利用。这一过程是微生物的相互协调的过程，比较复杂，它由物理、化学、物理化学以及生物化学反应所组成。
生物箱基本原理：在适宜的环境条件下，附着于生物填料上的微生物利用废气中的污染物作为能源，维持生命活动，并将其分解为 CO2、H2O和其他无机盐类，从而使废气得以净化。 Odors+ 微生物 → CO2 +H2O+ 生物组份 在此过程中所产生的废水经过简单的处理即可排放，无二次污染物。 生物法是利用微生物将臭味气体中的有机污染物降解或转化为无害或低害类物质的过程。与其它物理化学方法相比，用生物法处理废气投资少，运行费用低，污染物不会被转移到其它地方，不产生二次污染。自80年始，国外对臭气生物处理技术进行了广泛的研究，德国的一座污水厂采用生物法处理重力浓缩池排出的臭味废气，硫化氢和甲基硫醇等恶臭物质被去除。近几年，我国也开展了此方面的研究工作。 生物法主要有生物滤池、生物洗涤塔和生物滴滤池。在应用中，方法的选择应根据废气中污染物的类型与性质而定。常规的除臭生物反应器，主要采用作为微生物的主体，适合于在水中或潮湿的环境中生存。因此，对于水溶性好的污染物，利用进行生物降解，会得到很好的去除效果。但是，对于在水中溶解度低的物质，表面的水层将影响传质速率，导致处理效率降低。
