招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
招标方考虑到自身利益或者与投标方存在的利益关系，在对评标成员进行选择时通常不会按照规定采取随机抽签临时选择的方式。甚至有时招标方、评标成员和投标方相互勾结，进行权钱交易或偏向性评分。在对评标进行审计时，审计人员应对其的产生方式与立性进行着重审查，防止评标不公平现象的产生。
招标准备工作审计。充分的招标准备工作是做好招投标工作的一个前提。对招标准备阶段的审计，应审查招标项目的审批手续、资金落实情况，同时审查招标所采用的形式，是公开招标还是邀请招标;审查招标内容的合规性、合法性以及与招标方式相关规定的一致性。
