利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降***。
降低面团湿筋度、改良面团可塑性及理化性质，同时使蛋白质大分子水解成短肽和氨基酸，从而有利于糖类和氨基类物质进行复杂的美拉德反应，使产品上色快，色泽悦目有油润光鲜感，疏松酥脆容比力大，断面网状结构明显，层次好；
羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，舒适、抗收缩、抗张强度等效果收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。分解饲料中蛋白质成氨基酸，增加营养物质的渗出量，利于家禽对蛋的吸收和利用，同时补充动物内源酶不足，提高饲料利用率及降低饲料***，增强食欲，进而促进动物生长，提高日增重及成活力，还可以作为蔬菜水果复合肥料的添加剂。
用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等，衣物被血渍,牛奶,果汁,酱油油脂等污染后,如用普通洗涤剂,则一般很难消除这些污渍。如若在洗涤剂中加入蛋白酶可使汗渍,血渍容易除去，去污力强，***消毒、安全放心。
木瓜酶作用于人体皮肤老化角质层，促使其分解退化、去除达到***效果及促进细胞生长的效果，且木瓜酶水解物在皮肤表层形成一层氨基酸衍物薄膜，使肌肤保持润湿与光滑；木瓜酶易于与形成***的黑色素中的铜离子形成络合物，减少黑色素的形成和去除***的黑色素，且木瓜酶水解的三肽物质可直接抑制形成黑色素的酪氨酸活性、消除自由基作用，从而达到美白去斑的效果
