地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
进出口权原则上直接赋予科研院所，不另外批准成立新的进出口公司。科研院所已有企业法人营业执照的，进出口权直接授予该单位；科研院所本身没有企业法人营业执照的．对外经营权可根据申请单位要求授予的一家直属全资全民所有制企业。
地方企业由各省、自治区、直辖市及计划单列市经委、外经贸委（外贸局）向国家经贸委、外经贸部申报。部门直属企业由各主管部门向国家经贸委、外经贸部申报。
