目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
健全内部控制制度 确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
一、电子信息技术 技术包括：软件技术、微电子技术、计算机及网络技术、通信技术、广播电视技术、新型电子元器件、信息安全技术、智能交通技术 二、生物与新医药技术 技术包括：医药生物技术 ；、天然药物；化学药；新剂型及制剂技术；仪器技术、设备与软件；轻工和化工生物技术 三、航空航天技术 技术包括：民用飞机技术；空中管制系统；新一代民用航空运行保障系统；卫星通信应用系统；卫星导航应用服务系统 四、新材料技术 技术包括：金属材料；无机非金属材料；高分子材料；生物材料；精细化学品 五、高技术服务业 技术包括：共性技术；现代物流；集成电路；业务流程外包（BPO）；文化创意产业支撑技术；公共服务；技术咨询服务；精密复杂模具设计；生物医药技术；工业设计 六、新能源及节能技术 技术包括：可再生清洁能源技术；风能；生物质能；地热能利用；核能及氢能；新型能量转换与储存技术；节能技术 七、资源与环境技术 技术包括：水污染控制技术；大气污染控制技术；固体废弃物的处理与综合利用技术；环境监测技术； 生态环境建设与保护技术；清洁生产与循环经济技术；资源开发与综合利用技术 八、高新技术改造传统产业 技术包括：工业生产过程控制系统；、智能化仪器仪表；制造技术；新型机械；电力系统信息化与自动化技术；汽车行业相关技术。
